El Instituto Bautista Boliviano tuvo su origen en el local de la misión brasileña donde funcionaba una pequeña escuela fundada por las visiones María Becerra de nacimiento, que era educadora. Esta pequeña escuela tuvo poca duración. Con el crecimiento de la ciudad creció, también la ambición de los empresarios, que querían Comprar cualquier costó la propiedad de los (Evangelistas Brasileños).

Un grupo de personas apoyadas en la ley agraria, intentaron invadir la propiedad y  lotear. Es bueno hacer un recuerdo que en este local estaban las casas de los misioneros, la oficina de la Convención y funcionaba como local de reuniones en la primera Iglesia. Según cuentan los historiadores todo está preparado para la invasión cuando cayó una terrible tempestad, acompañada de un (surazo). Al día siguiente explotó la Revolución, y los vencedores quemaron los archivos de la Alcaldía, quedando solamente los comprobantes que poseía la Misión. 

Ni aun así la propiedad de la Misión dejó de despertar el interés de los empresarios por el estratégico de su ubicación, sobre la Av. Uruguay, en el primer anillo. Fue expropiado por decreto, siendo dada una compensación en forma de terreno para la primera iglesia que ya había iniciado la construcción del Templo en aquel local, y la compra de una casa que serviría de sede para la Misión. La parte que quedó para el colegio se constituyó en un área muy pequeña, para el funcionamiento de la institución a institución combos de 1000 alumnos; siendo más tarde expropiado, y recibiendo el colegio un terreno en el tercer anillo y otra parte el dinero, con el cual comenzó la construcción del nuevo edificio, siendo necesario hacer un préstamo para que la primera parte quede terminada. El colegio Bautista ha sido, en el transcurrir de los años, como un semillero dónde vidas van pasando, donde muchos recién un cambio integral: moral, espiritual e intelectual. Tienen como principio: "El temor de Jehová es el principio de la sabiduría".